Les Chams, grands rivaux des Khmers, occuperont Angkor quelques années avant que Jayavarman VII en reprenne possession (1181) et établisse le bouddhisme mahayana comme religion officielle, en lieu et place de l’hindouisme.

La ville d’Angkor ayant été détruite par les Chams, le nouveau roi fait construire la ville d’Angkor Thom et le temple du Bayon, seulement 50 ans après Angkor Vat. Pour mieux se protéger des attaques extérieures, les constructions prennent de l'ampleur avec l'enceinte d'Angkor Thom (« la grande cité »)

et le temple d’Etat du Bayon,

qui apparaît comme corseté dans un périmètre réduit de 150 m de côté pour l'enceinte extérieure.

Temple central de la nouvelle capitale khmer, sa décoration est d'une exceptionnelle richesse.

Les gigantesques visages de Bouddha souriant sont le symbole du temple et sont repris sur les cartes postales vendues aux touristes :

En sus du Bayon, l’enceinte d’Angkor Thom abrite également les quelques vestiges du Palais Royal, construit 150 ans auparavant sous le règne de Suryavarman I,

ainsi que la Terrasse des éléphants

du haut de laquelle le roi Jayavarman VII regardait défiler son armée victorieuse de retour de la guerre contre les Chams,

et la Terrasse du Roi lépreux,

qui doit son nom à une statue retrouvée sur le site (mais retirée pour être mise à l’écart des pilleurs), et qui selon certaines hypothèses aurait été un men, lieu d'incinération des rois.

Sa façade de grès d'environ 25 m de coté et 6 m de haut formant grossièrement un "U"

est entièrement ornée de bas-reliefs très ouvragés représentant le « panthéon » hindouiste. Chaque rangée représente un monde. Ainsi la rangée inférieure évoque le monde marin.

Mais l'un des successeurs du roi impose dès son avènement le retour à l'hindouisme et détruit de nombreuses sculptures du Bouddha. Le bouddhisme reprendra le dessus au milieu du XIVe siècle, sous sa forme theravada. Cette nouvelle voie religieuse, beaucoup plus simple dans son approche du sacré, généralisera les constructions légères dont seules subsistent quelques terrasses bouddhiques, réemployant souvent les blocs de pierre des édifices antérieurs.

Les guerres incessantes réduiront le territoire des khmers et entraîneront le déclin du royaume. Angkor sera définitivement abandonnée comme capitale vers 1431.